Вторая экспедиция, 1493–1496. Флотилия из 17 судов (кроме судовых команд, на них плыли солдаты, чиновники, монахи и переселенцы) отправилась из Кадиса 25 сентября 1493 и достигла Канарских о-вов 2 октября, а через десять дней пустилась в плавание по Атлантике. 3 ноября мореплаватели сделали остановку на острове Карибского моря, который Колумб назвал Доминикой, а затем поплыли вдоль Малых Антильских и Виргинских островов, минуя Пуэрто-Рико, к Эспаньоле. К удивлению новоприбывших, оказалось, что все 39 человек, оставленные в январе в Навидаде, погибли в результате стычек с аборигенами. Несмотря на это, Колумб основал новое поселение, назвав его Ла-Исабела в честь королевы Испании. Оставив своего брата Диего править Эспаньолой, весной 1494 Колумб предпринял экспедицию вдоль южного побережья Кубы. Во время второй экспедиции были также открыты о-ва Гваделупа и Ямайка. В отсутствие Колумба на Эспаньолу прибыл небольшой флот под командованием Бартоломе Колумба и обнаружил, что колония находится в состоянии хаоса. Разочарованные колонисты вернулись в Испанию и охарактеризовали Колумба и его братьев как негодных администраторов. Огорченные этими сообщениями, испанские монархи отправили для инспекции Хуана Агуадо, который в конце 1495 подтвердил их опасения. Оставив на Эспаньоле Бартоломе, Колумб вернулся в Кадис 11 июня 1496.