Третья экспедиция, 1498–1500. К 1496 Фердинанд и Изабелла уже не надеялись получить скорую выгоду от предприятий Колумба, тем не менее ему удалось убедить монархов дать разрешение на третью экспедицию, используя нао и две каравеллы для обследования новых земель, а также еще три каравеллы для доставки на Эспаньолу продовольствия, 300 мужчин и 30 женщин для пополнения контингента колонистов. Флотилия, вышедшая в мае 1498 из Испании, разделилась у о.Гомера на Канарском архипелаге. Три судна взяли курс на Эспаньолу. Колумб отправился дальше к югу, дошел до о-вов Зеленого Мыса и затем 7 июля повернул на запад. Остановившись на о.Тринидад 31 июля, отплыл на северо-запад к берегам Америки. Обнаружив обширную дельту реки (р.Ориноко в современной Венесуэле), Колумб понял, что там находится огромный массив суши, и назвал эти земли Вест-Индией. Ему казалось, что эти земли располагаются неподалеку от описанного в Библии Эдема. Обследовав побережье в районе дельты Ориноко, Колумб отправился на Эспаньолу. Встревоженные отчетами Колумба, Фердинанд и Изабелла направили Франциско де Бобадилью расследовать дела в колонии и при необходимости предпринять меры. Оценив ситуацию, Франциско арестовал всех трех братьев Колумбов за неспособность навести порядок в колонии и, заковав их в кандалы, в декабре 1500 отправил в Испанию. Сразу по возвращении Колумб был вызван ко двору в Гранаду. Выражая свои симпатии к Колумбу, монархи уверяли, что никогда не приказывали заковывать его в кандалы, тем не менее вплоть до сентября 1501 задерживали рассмотрение его прошений о восстановлении в правах. Фердинанд и Изабелла вернули Колумбу часть титулов и все имущество, но не давали разрешения на следующую экспедицию и назначили губернатором Эспаньолы Николаса де Овандо, который отплыл в Карибский регион в феврале 1502 на 30 кораблях с большой группой поселенцев. В марте 1502 Фердинанд и Изабелла все же разрешили Колумбу возглавить новую трансатлантическую экспедицию.